Первая церковь и собор Геленджика
Самой первой в Геленджике была построена в 1831-1832 гг. церковь Знамения Пресвятой Богородицы, она была деревянной и располагалась на территории Геленджикского укрепления тех времен. В 1843 году ее укрепили керченским камнем. Первыми священниками были отец Самуил Михайловский, отец Панкратий и отец Паисий Булгаков.
В Крымскую компанию 1853-1855 гг. церковь разобрали и Геленджикский гарнизон перешел в Новороссийск. Затем в 1864 году вернулись русские войска и Шапсугский казачий полк и стали строить новое укрепление. На месте будущего Вознесенского собора построили каменную церковь, освятили в 1875 году.
В 1904 году рядом с этой церковью заложили Свято-Вознесенский собор. Освящён собор был 6 мая 1909 г. епископом Сухумским и Черноморским Димитрием Сперовским.
Начало Свято-Преображенского храма
По инициативе первого настоятеля Свято-Вознесенского собора — протоиерея Иоанна Судницина — в 1909-1910 гг. старую церковь при соборе разобрали и из этих же строительных материалов на месте нынешнего Свято-Преображенского храма сложили храм-часовню, в верхней части ул. Горной, в то время на территории действующего кладбища, где происходили захоронения мирян (кладбище было освящено 23 мая 1904 года, хотя самое первое захоронение датировано 1896 годом).
Согласно справке Геленджикского историко-краеведческого музея от 16.06.2001 года, составленной научным сотрудником музея Григорьевым А.Б., Свято-Преображенский храм построен до революции.
На месте Дворца культуры в те времена была площадь Илии Пророка. Была инициатива построить там Ильинскую церковь, собирали деньги на строительство, но до дела так и не дошло.
К 1914 году в Геленджике было 4 храма:
- Собор Вознесения Господня;
- Свято-Преображенский храм-часовня;
- Храм св. Михаила Черниговского, построенный в 1913 году к 300-летию дома Романовых;
- Греческая церковь, которую впоследствии снесли, а на её месте построили старый автовокзал.
После революции собор Вознесения Господня в центре Геленджика был закрыт властями и передан средней школе № 3. Помещение собора использовалось как спортзал, а затем складское помещение.
Изменение статуса Свято-Преображенского храма
В 1952 году к кладбищенскому храму-часовне была пристроена алтарная часть, и он стал прибежищем православной общины Геленджика. В часовню перенесли престол, иконостас и церковную утварь со Свято-Вознесенского собора. Иконостас собора является иконостасом Свято-Преображенского храма и по сей день. В воскресные и праздничные дни здесь начали совершать богослужения. Таким образом, часовня была преобразована в храм, престол был освящён во имя Вознесения Господня, в память закрытого собора Вознесения Господня. Этот кладбищенский храм никогда не закрывался и вплоть 1990 года считался центральным храмом Геленджика.
В мае 1989 года начали восстанавливать Свято-Вознесенский собор, и 14 июня 1990 года он был возвращен верующим, хотя в первоначальных планах властей было сделать его музеем. А кладбищенский храм по благословению Высокопреосвященнейщего Исидора, митрополита Екатеринодарского и Кубанского, в 1993 году был освящён в Свято-Преображенский. В этот же год здание церкви было признано памятником архитектуры и градостроительства, а в 1996 году причислено к памятникам истории и культуры Краснодарского края.
Развитие храма
С 1996 года при Свято-Преображенском храме началось строительство колокольни, северного притвора. В июне 1996 года, в день Всех русских святых, состоялось закладка церковной звонницы. В 1998 году на второй день Рождества Христова на колокольню вертолётом был установлен шестнадцатиметровый шатер с куполом и крестом (нитридтитановым). Работы производились под руководством главного инженера проекта И. Головкина с архитекторами С. Кузнецовым и С. Беребердиным.
В 2000 г. к храму подведен газ, а в 2005 г. — вода и канализация.
В 2002 году на месте старой кухни и сараев началось строительство двухэтажного здания детской воскресной школы. Открытие воскресной школы произошло 1 сентября 2005 года. Храм и здание воскресной школы снаружи украшены многочисленными мозаичными работами геленджичанина, члена Союза художников России, Евгения Ткаченко.
На первом этаже школьного здания был сделан баптистерий (купель) для крещения взрослых.
В 2007 году на храме был заменен центральный купол.
В 2008 году рядом с храмом была построена Мемориальная часовня Николая Чудотворца в память о трагически погибших жителях Геленджика. Освятил часовню преосвященнейший епископ Тихон, викарий Екатеринодарской и Кубанской епархии.
Настоятели храма и приписные священники от Свято-Вознесенского собора
С 1909-1910 гг. служил Благочинный 2-го Черноморского округа Сухумской Епархии Протоиерей Иоанн Судницин (первый настоятель Вознесенского собора). Служил 10 лет. Умер в 1940 г.
Далее до 1952 года, когда часовня была преобразована в храм и престол был освящён во имя Вознесения Господня, служили приписные священники от Свято-Вознесенского собора:
- Священник Павел Шишков;
- Священник Владимир Лаванов;
- Священник Олег Лаванов;
- Священник Дмитрий Адамов;
- Священник Кирилл Гофман;
- Священник Кирилл Львов.
После 1952 года:
- С 1952 года священник Иоанн Кнопов;
- С 1972 г. священник Павла Тесленко;
- С 1982 г. протоиерей Николай Гетман; 2-ым священником в 1991-1993 гг. служил протоиерей Владимир Сазонов, по восстановлении и освящении Свято-Вознесенского собора много лет являлся его настоятелем;
- С 1995 г. протоиерей Виталий Ковалев;
- С 2014 г. протоиерей Александр Абрашкин;
- С 2025 г. по настоящее время иерей Владимир Прокопчук.